Em 2010, a Faculdade de Medicina de Botucatu foi selecionada no edital nº 24/2010/Capes, parceria entre o Ministério da Saúde (MS) e a Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes). Essa iniciativa, concebida no âmbito do Programa Nacional de Apoio ao Ensino e à Pesquisa em Áreas Estratégicas (PRONAP) compôs uma série de políticas e ações indutoras, realizadas pelo MS em parceria com o Ministério da Educação (MEC), com vistas à consolidação do SUS. Este processo objetivou estimular e ampliar a formação de professores e o desenvolvimento de pesquisas sobre ensino nas diferentes áreas da saúde no interior dos programas de pós-graduação existentes e consolidados e estava inserida na Política Nacional de Formação dos Profissionais da Saúde, implementada, a partir de 2003, no MS. O presente trabalho trata de relato de experiência sobre o desenvolvimento de pesquisas, produção de conhecimento e formação na interface universidade e serviços de saúde, a partir do  programa Pró-ensino na Saúde. Apresenta a educação problematizadora, a formação interprofissional, a educação permanente de professores e profissionais de saúde e as Diretrizes Curriculares Nacionais como mobilizadoras à formação profissional comprometida com o desenvolvimento do Sistema Único de Saúde, especificamente na valorização da integração universidade pública com serviços de saúde. As pesquisas desenvolvidas abordaram diferentes dimensões do ensino na Atenção Primária à Saúde envolvendo práticas pedagógicas, formação e desenvolvimento docente, atuação do profissional de saúde como professor, inovações pedagógicas e questões relacionadas a prática do trabalho em saúde. Na riqueza e diversidade dos estudos aponta-se fragilidade na relação orgânica entre Universidade/Atenção Primária e observa-se inovações que caminham à ruptura do ensino instituído.