A escassez de recursos para financiamento da atenção hospitalar no SUS exige de seus gestores o acompanhamento e ações eficazes, com vistas a conhecer os custos operacionais e potencializar toda capacidade de produção dos hospitais de até 50 leitos. O Sistema de Gestão de Custos (SGC) pode ser descrito como um modelo de software de acompanhamento sistemático dos custos, produtividade e de desempenho da unidade, possui interoperacionalidade com o TABWIN, sistema do DATASUS, gerando relatórios gerenciais e indicadores de performance com base na necessidade do gestor. O presente relato de experiência reflete desde a criação do software de gestão, passando pelo processo de implantação e discussão com os municípios, avaliação do seu uso e a contribuição no gerenciamento do serviço e gestão municipal. A implantação partiu da necessidade em se conhecer as receitas e despesas, bem como o faturamento destas unidades, tendo em vistas as frequentes queixas de gestores municipais de saúde em torno das dificuldades em se manter os pequenos hospitais funcionando plenamente. Foram 13 hospitais piloto localizados nas regiões de saúde do oeste e sul do estado com o sistema implantado. Como resultados destacamos a necessidade de equilíbrio entre os recursos materiais e financeiros com os recursos disponíveis, a utilização de ferramentas que permitiu aos gestores identificar problemas e simular cursos de ação, maior apropriação dos gestores sobre o funcionamento do serviço, maior uso de sistemas de informação no cotidiano do gerenciamento ampliando o potencial de decisão para gestão. A experiência continua em curso e seu caminhar tem possibilitado o delineamento de novas estratégias de fortalecimento das redes de atenção, considerando a organização dos serviços de saúde, no caso, hospitais de até 50 leitos, de modo sustentável financeiramente e organizacionalmente, para que seja considerado resolutivo frente ao seu papel e de acordo com seu perfil no sistema de saúde local e regional.