Apresentação: A pandemia de COVID-19 teve seu início na China em novembro de 2019 e chegou ao Brasil em março de 2020. Desde então, há divergências e disputas entre profissionais da saúde, pesquisadores e órgãos reguladores sobre os modos de cuidados farmacológicos mais efetivos e eficazes para o tratamento de tal patologia. Sem muitos estudos robustos que pudessem definir o melhor protocolo de tratamento, iniciou-se então o debate acerca da autonomia de médicos/médicas sobre o que prescrever para tratamento  da COVID-19. Tomando como base que autonomia é a capacidade subjetiva de decidir entre alternativas de prescrição, equilibrando conhecimentos técnicos e experiências pessoais, este estudo objetiva analisar documentos oficiais do Conselho Federal de Medicina (CFM) sobre essa prerrogativa dos/as profissionais de medicina para o manejo de tratamentos para a COVID-19. Método do estudo: Para isso, realizou-se uma pesquisa qualitativa exploratória, por meio de uma Análise Documental, dos documentos produzidos pelo CFM entre 2020 e 2021. Para isso, a ferramenta de busca presente no próprio endereço eletrônico da autarquia federal foi usada durante o mês de julho de 2021. Após excluídas as duplicatas, foram encontrados 22 despachos, 5 pareceres, 4 resoluções e 1 recomendação, totalizando 32 documentos acerca da pandemia de COVID-19. Resultados: Posteriormente, foram selecionados os documentos que de alguma forma discutissem o tema da “autonomia”, assim resultaram 3 documentos, dentre os quais um parecer, um despacho e uma resolução. Considerações Finais: Após uma Análise de Conteúdo destes materiais, observou-se uma forte relação de biopoder entre médico e usuário/a dos serviços, visto que o CFM coloca a autonomia médica acima do bem-estar e da segurança das pessoas, ao permitir que estes profissionais da saúde prescrevem tratamentos sem comprovação científica, tais como Hidroxicloroquina, Cloroquina, Ivermectina, Azitromicina, Colchicina e Nitazoxanida. Assim, nota-se que a tomada de decisão terapêutica, sob a égide exclusiva da autonomia médica baseada apenas nos documentos do CFM, pode culminar em equívocos científicos e ferir princípios da atividade médica como o zelo pela vida e a saúde humana.