Introdução: A atenção à população infectada e sob suspeição da COVID-19, tem sido um dos desafios enfrentados pela saúde pública. O contexto sanitário impactou negativamente a Atenção Primária à Saúde, no que tange a sobrecarga de atribuições profissionais, rotinas de serviço, escassez de insumos, comprometendo a qualidade e o processo de trabalho dos profissionais da saúde. A atuação combinada da Vigilância Epidemiológica com a APS, pode reduzir a subnotificação de casos da COVID-19, vez que os registros através dos Sistemas de Informação em Saúde são potentes ferramentas para delinear a real situação de saúde e auxiliar os gestores na tomada de decisão. Objetivo: Inferir sobre as fragilidades encontradas pelos profissionais da APS durante o uso dos Sistemas de Informação, para notificação de casos de COVID-19 em investigação. Métodos: Trata-se de um relato de experiência, com o propósito de analisar a atuação da Vigilância Epidemiológica como equipamento social no controle da enfermidade, e seu potencial em disponibilizar dados e informações sobre o referido agravo. Resultados: É importante considerar que os desafios são maiores para o fluxo da informação em função de tempo para preenchimento adequado, consolidação e envio dos dados ao Ministério da Saúde. Na tentativa de articulação entre a Vigilância Epidemiológica e a APS, e pela alta demanda de casos não hospitalizados de síndrome gripal, em março de 2020, o Departamento de Informática do Sistema Único de Saúde (DATASUS), desenvolveu o e-SUS VE que se configura como uma base para registro de notificações de casos em investigação diagnóstica, permitindo o lançamento de informações detalhadas para a qualificação no desfecho dos casos apresentados da COVID-19. A desigualdade na distribuição de recursos e aportes da APS, entre os municípios não deve ser negligenciada ao se considerar a análise situacional da COVID-19. Vale destacar que a notificação de síndromes gripais, mas especificamente da COVID-19, passou a ser realizada recentemente, após a necessidade de se obter informações acerca de um problema de saúde pública que vem modificando o contexto de vida das pessoas mundialmente. Porém, a necessidade de informações sobre o agravo não acompanhou o mesmo ritmo da qualificação acerca do uso apropriado do Sistema de Informação para o referido fim. As atribuições dos profissionais da APS foram intensificadas com a pandemia, acarretando aos servidores além das funções habituais, a notificação dos usuários suspeitos e confirmados da COVID-19 sem um preparo adequado. Desse modo, provavelmente muitos profissionais ainda tem dúvidas corriqueiras no manejo do sistema de notificação e o reflexo disso pode estar associado, na grande maioria das vezes, ao não preenchimento adequado de dados que são importantes. Conclusão: Urge a informatização das unidades de saúde. Apresentamos como estratégias possíveis melhorar os indicadores de desempenho que poderiam elevar os repasses financeiros, qualificar o quadro de pessoal da APS no preenchimento adequado dos instrumentos de coleta de dados, criar espaços de educação permanente em saúde nas unidades prestadoras e uma articulação mais efetiva entre as universidades. Ressalta-se como limitações dessas estratégias o atual contexto de desfinanciamento e desarticulação da saúde pública no país.