Introdução: O fortalecimento dos recursos humanos em saúde é uma das bases do modelo de atenção integral à saúde no Brasil. No contexto das emergências em saúde pública capacitar os profissionais se torna ainda mais relevante, pois aprimora a capacidade de resposta mitigando os impactos dos desastres na saúde pública. A Força Nacional do SUS (FN-SUS), além de ser um componente de resposta para assistência e apoio de gestão nas emergências em saúde pública e desastres, a mesma visa promover o fortalecimento da capacidade de resposta necessária aos profissionais da rede de atenção à saúde. Objetivo: Descrever a experiência dos técnicos da FN-SUS na realização das capacitações para profissionais de saúde acerca do diagnóstico diferencial e manejo clínico das patologias que poderão emergir após inundações. Metodologia: Relato de experiência realizado a partir da experiência de técnicos da FN-SUS na capacitação de trabalhadores entre dezembro de 2021 a janeiro de 2022 no estado da Bahia. Foram realizadas capacitações para aproximadamente 400 trabalhadores da saúde. A capacitação abordou nove temas através de aulas expositivas dialogadas e estudos de caso com duração de uma hora e meia, sendo posteriormente disponibilizados 20 minutos para esclarecimento das dúvidas elencadas pelos participantes. Também foi realizada a gravação das aulas para a transmissão assíncrona para os profissionais que por algum motivo não puderam participar presencialmente. A escolha dos temas a serem abordados deu-se através do diagnóstico situacional realizado nos principais municípios acometidos pelas enchentes nas regiões Extremo Sul e Sul da Bahia, onde pode-se elencar os principais nós-críticos assistenciais, sendo então planejada as capacitações para o fortalecimento das ações de enfrentamento das doenças relacionadas a pós-inundações e doenças sazonais. Resultados: As capacitações relacionavam-se ao manejo clínico e o diagnóstico diferencial das arboviroses, influenza H3N2, leptospirose, diarreia, cuidados de saúde após enchentes, acidentes com animais peçonhentos e com material pérfuro cortantes. A abordagem dos assuntos partiu do conhecimento prévio dos participantes, oportunizando os mesmos a expressarem seus conhecimentos e experiências. Em um segundo momento, foi realizada a discussão de casos, com foco no manejo clínico e no diagnóstico diferencial, o que possibilitou a reflexão dos participantes a partir do problema apresentado, estimulando-os a relacionarem a teoria com a prática e a pensarem estratégias para adequarem suas condutas conforme recursos disponíveis na rede local. Nesse momento observou-se o interesse e um bom engajamento por parte dos trabalhadores presentes, uma vez que as trocas permitiram ao grupo pensar em possíveis formas para a resolução dos problemas apresentados. Destaca-se que o uso da exposição dialogada quando comparada com outras metodologias, estimulou uma maior participação dos profissionais. Considerações Finais: Mediante a interação entre os técnicos da FN-SUS com os profissionais da saúde locais observou-se uma melhor compreensão acerca da temática apresentada por parte dos trabalhadores, evidenciando assim a importância da capacitação para o fortalecimento da rede de atenção à saúde em desastres na saúde pública. Ressalta-se que essas capacitações foram pontuais, por isso, se faz necessário, estimular os gestores locais para a continuidade e fortalecimento do recurso humano em saúde.