INTRODUÇÃO: A pandemia da Covid-19 está sendo causa de óbito de um grande número de pessoas no mundo e inserindo demandas sem precedentes nos serviços de saúde. Considerando localmente, em nível municipal, a existência da fase de transmissão comunitária da Covid-19, a Atenção Primária à Saúde (APS) tem papel fundamental na resposta global à doença. A APS oferece atendimento resolutivo, além de manter a longitudinalidade, possui capilaridade nos sistemas de saúde e potencial para identificação precoce de casos graves que devem ser manejados em serviços especializados. OBJETIVO: Analisar a organização dos serviços da APS da região Sudeste para o enfrentamento da pandemia de Covid-19. MÉTODO: Trata-se de um estudo de corte transversal e descritivo realizado na APS da região Sudeste. A população-alvo constitui-se por gestores da APS de cada município e para participar da pesquisa foram definidos os seguintes critérios de inclusão: gestor da APS de um município por pelo menos 3 meses durante a pandemia de Covid-19, e, como critérios de exclusão: responsáveis que durante o período da pandemia estava de licença e/ou férias. Os dados foram coletados por meio de questionários autorrespondidos pelos gestores da APS. Para a coleta de dados foi construído um questionário com base no Protocolo de Manejo Clínico do Coronavírus (Covid-19) na Atenção Primária à Saúde do Ministério da Saúde. A coleta de dados foi realizada pelo método de bola de neve e a análise por meio da estatística descritiva. RESULTADOS: Participaram da pesquisa, 196 gestores, destacam-se: 150 (76,53%) eram do sexo feminino, 115 (58,67%) possuíam entre 30 e 44 anos; e, 106 (54,08%) eram enfermeiros (as). Para 185 (94,39%) participantes, os serviços da APS foram adaptados para o enfrentamento da Covid-19; 182 (92,86%) afirmaram que o fluxo da APS foi reestruturado durante a pandemia de Covid-19; para 63 (32,14%) os serviços de referência e contra-referência da APS dentro da Rede de Atenção à Saúde (RAS) não sofreram alterações durante a pandemia. Também se destacam que 185 (94,39%) participantes informaram que os serviços da APS implementaram protocolos específicos para o enfrentamento da Covid-19; 174 (88,78%) referiram que os profissionais de saúde da APS receberam alguma capacitação para o atendimento de casos suspeitos e confirmados de Covid-19; para 53 (27,04%) dos gestores os serviços de saúde não utilizaram tecnologias da informação para o teleatendimento em atendimentos pré-clínicos, diagnósticos, acompanhamento dos casos e consultas; e, 38 (19,39%) informaram que não foi realizado acompanhamento dos usuários considerados de risco via telefone a cada 24 horas. CONSIDERAÇÕES FINAIS: a reorganização dos serviços da APS tornou-se essencial para o enfrentamento da pandemia, de forma articulada com a RAS e principalmente pelo contato direto com as pessoas. No entanto, houve lacuna, como a falta do estabelecimento de um conjunto abrangente e alinhado de políticas para reorientar a complexa engrenagem dos sistemas de saúde.