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Introdução: Após dois anos do início da pandemia de COVID-19 no mundo, o desenvolvimento e implementação de tecnologias capazes de produzir vacinas contra a doença em tempo recorde, trouxe também grandes desafios e avanços para disponibilização dos imunizantes à população mundial. Especificamente no Brasil, descrever os desafios e avanços da vacinação contra a COVID-19 nos municípios de Manaus e Rio de Janeiro, foi o tema escolhido para a elaboração do presente ensaio acadêmico. Método: Trata-se de uma pesquisa qualitativa, com investigação através de artigos científicos,  documentos oficiais de ordem pública como, boletins epidemiológicos,  pesquisados nos websites dos organismos nacionais e internacionais relacionados com a saúde, como Ministério da Saúde e da Organização Pan-Americana da Saúde, no período de janeiro de 2021 a janeiro de 2022. Discussão e resultado: A vacinação contra a COVID-19 começou no Brasil em janeiro de 2021, para dar conta da cobertura vacinal nacional. Porém, a campanha de vacinação contra COVID-19 no Brasil enfrentou alguns desafios, dos quais os principais foram: logísticas para organizar campanha de vacinação contra COVID-19 e gripe, divergência nos preços dos imunizantes devido à alta demanda dos países, a criação de grupos prioritários devido o número insuficiente de doses e disponibilidade de canais de informação para enfrentamento ao movimento antivacina e fake news. É importante destacar também, dentre os desafios que fundamentaram a dinâmica de vacinação nos municípios de Manaus e Rio de Janeiro. No primeiro, a população geral estimada pelo IBGE é de 2.219.580 pessoas vivendo nas zonas urbana e rural, além da gestão e planejamento das ações do programa de vacinação, destaca-se a dispersão demográfica em locais banhados por grandes bacias hidrográficas e envoltos pela Floresta Amazônica, os quais configuram importantes desafios de acesso aos diversos serviços de saúde. O principal meio de transporte utilizado são as embarcações particulares ou coletivas, sendo os rios as estradas dos ribeirinhos. A logística para as comunidades ribeirinhas é complexa e acarreta dificuldades para a prestação de diversos serviços, dentre os quais os serviços de saúde. Ao se tratar do município do Rio de Janeiro, com uma população estimada de 6.775.561 pessoas pelo IBGE, cabe destacar que parte da sua população são moradores de 147 favelas, os quais  diante da pandemia da COVID-19, precisaram reunir dados sobre número de casos e de óbitos mediante a subnotificação das informações nessas comunidades. Mesmo com realidades e estratégias diferentes, Manaus e Rio de Janeiro, no período pesquisado, apresentaram 75% da população maior de 12 anos com o ciclo vacinal completo. Considerações finais: No Brasil, a pandemia tomou contornos particulares, vivenciados diferentemente nas várias regiões do país. Para além dos desafios de diferentes ordens no processo de implantação da campanha vacinal no Brasil, as iniquidades da distribuição do imunizante e o acesso contribuem fortemente para a manutenção, contaminação e morte das populações mais vulneráveis com as novas variantes.